Ιδρύθηκε το 1357 από τους αδελφούς Αλέξιο και Ιωάννη, στρατιωτικούς και πολιτικούς παράγοντες της αυτοκρατορίας. Το Καθολικό, τιμώμενο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος, κτίσθηκε περί το 1363 και τοιχογραφήθηκε ευθύς μετά. Προ του 1538 κτίσθηκε και τοιχογραφήθηκε το παρεκκλήσι της Κοιμήσεως της Θεοτόκου και το 1614 επεκτάθηκε το Καθολικό ανατολικά, προστέθηκαν τα Τυπικαριά και τοιχογραφήθηκε η επέκταση. Οι παλαιές τοιχογραφίες επιζωγραφήθηκαν και συμπληρώθηκαν, το 1854, από το νεοκλασσικίζοντα ζωγράφο Ματθαίο Ιωάννου, διακρίνονται όμως πολλές από τις περίφημες παραστάσεις του 14ου αι. Η Τράπεζα είναι κτίσμα του 1741, τοιχογραφημένο το 1749. Από τα κειμήλια της Μονής ξεχωρίζουν ένας κεντητός επιτάφιος και δεσποτικές εικόνες του 14ου αι. Στην Παντοκράτορος υπάγεται η Σκήτη του Προφήτου Ηλιού, το μεγαλύτερο μέρος του κελλιωτικού συνοικισμού της Καψάλας, το κελλί «του Άξιόν εστιν» και η παλαιά μονή, τώρα κελλί, του Ραβδούχου, κοντά στο Κουτλουμούσι.