Ιδρύθηκε περί το 1257 από τον ασκητή όσιο Σίμωνα, πάνω στην δυσπρόσιτη «πέτρα του Σίμωνος». Ανακαινίσθηκε περί το 1368 με δαπάνες του δεσπότη των Σερρών Ιωάννου Ούγκλεση. Το 1580, το 1622 και το 1891 η Μονή καταστράφηκε από πυρκαγιά. Το Καθολικό, τιμώμενο στη Γέννηση του Χριστού, πρέπει να κτίσθηκε περί το 1600, καταστράφηκε από την πυρκαγιά του 1622, επισκευάσθηκε ευθύς αμέσως και τοιχογραφήθηκε το 1633. Η σημερινή μορφή του οφείλεται στις εκτεταμένες επισκευαστικές εργασίες μετά την καταστροφή του 1891. Στη Σιμωνόπετρα υπάγεται και η Μονή του Ευαγγελισμού στην Ορμύλια Χαλκιδικής η οποία είναι ένα από τα αξιολογώτερα γυναικεία μοναστικά ιδρύματα του ορθόδοξου κόσμου.