Πρωτεύουσα της κοινότητας του Αγίου Όρους είναι η πολίχνη των Καρυών. Φαίνεται ότι στις αρχές του 10ου αι. ο συνοικισμός υπήρχε ήδη και ονομαζόταν «Μέση», διότι βρισκόταν στη μέση περίπου της αθωνικής χερσονήσου. Εκεί ήταν εγκαταστημένος ο «Πρώτος», δηλαδή η διοικητική κεφαλή της μοναχικής κοινότητας. Εκεί βρισκόταν και ο κεντρικός ναός της χερσονήσου, το λεγόμενο «Πρωτάτον», το οποίο αποτελούσε το βασικό χώρο των λατρευτικών και διοικητικών συναθροίσεων των αθωνιτών μοναχών. Ο ναός, αφιερωμένος στην Κοίμηση της Θεοτόκου, ήταν μικρός και δεν επαρκούσε για την εξυπηρέτηση των μοναχών, των οποίων ο αριθμός μεγάλωνε συνεχώς. Με τη φροντίδα του οσίου Αθανασίου του Αθωνίτου κατεδαφίσθηκε και οικοδομήθηκε στη θέση του, περί το 960, ο υφιστάμενος μέχρι σήμερα ναός. Τις τοιχογραφίες του, καμωμένες περί το 1300, η παράδοση τις θεωρεί έργα κάποιου καταπληκτικού ζωγράφου από τη Θεσσαλονίκη που αναφέρεται με το παράξενο όνομα «Πανσέληνος». Στο Πρωτάτο φυλάσσεται η θαυματουργός εικόνα του «Άξιόν εστιν». Δίπλα στο Πρωτάτο βρίσκεται το κτήριο όπου συνεδριάζει η Ιερά Κοινότης και ο πύργος όπου φυλάσσεται το αρχείο. Στο αρχειοφυλάκιο υπάρχει πλήθος πολύτιμων εγγράφων, μεταξύ των οποίων τα «Τυπικά» του 972 και του 1045, θεωρημένα με τις υπογραφές των αυτοκρατόρων Ιωάννου του Τσιμισκή και Κωνσταντίνου του Μονομάχου, αντιστοίχως. Στις Καρυές εδρεύει ο Διοικητής του Αγίου Όρους και βρίσκονται διεσπαρμένα τα «κονάκια» των είκοσι κυρίαρχων Μονών όπου κατοικούν οι «Αντιπρόσωποι» που συγκροτούν τη «Σύναξη».