Ο χώρος που κατέχει η Μονή Βατοπαιδίου  εντός του  Αγίου  Ορους βρίσκεται στο μέσον της βόρειας ακτής του,  και υπολογίζεται σε 43 περίπου τετραγωνικά χιλιόμετρα.  Από βορρά βρέχεται από τον Στρυμονικό κόλπο, ανατολικά συνορεύει με την περιοχή της Μονής Παντοκράτορος, νοτιοανατολικά με αυτήν της Μονής Ξενοφώντος, νότια με τις περιοχές των Μονών Κωνσταμονίτου και Δοχειαρίου, νοτιοδυτικά με αυτήν της Μονής Ζωγράφου και βορειοδυτικά με την περιοχή της Μονής  Εσφιγμένου.

Η διαμόρφωση του εδάφους παρουσιάζει ποικιλία, αλλά κατά το μεγαλύτερο μέρος του είναι λοφώδες ή ημιορεινό με μέγιστο υψόμετρο 650 μέτρα. Τα παράλια είναι βραχώδη με εξαίρεση την ζώνη του μικρού κόλπου  που σχηματίζεται στο μέσον της βόρειας πλευράς της περιοχής. Το συγκρότημα της Μονής είναι κτισμένο επάνω σε λόφο στην ανατολική άκρη του κόλπου αυτού. Σε ολόκληρη την περιοχή υπάρχουν πολλοί δασικοί δρόμοι, μονοπάτια και καλντερίμια που εξασφαλίζουν την επικοινωνία της Μονής με τις Καρυές, τις γειτονικές Μονές,  και τα εξαρτήματά της.  Εκτεταμένο είναι επίσης και το δίκτυο μεταφοράς του νερού από τις πηγές των ορεινών περιοχών προς την Μονή και τα κελιά της.

Γενική άποψη της Μονής και του κόλπου του Βατοπαιδίου από νοτιοανατολικά

Χάρτης του Αγίου Ορους, όπου διακρίνεται η περιοχή της Μονής Βατοπαιδίου