O Μάριος Περικλέους Μπέγζος γεννήθηκε την 27η Νοεμβρίου 1951 στην Αθήνα, όπου ολοκλήρωσε την εγκύκλια μόρφωσή του (1963-1969).

Σπού­δασε θεολογία και φιλοσοφία στα Πανεπιστήμια Αθηνών (1969-1973), Γενεύης (1973-1974) και Τυβίγκης (1979-1981) με υποτροφίες του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών (IΚΥ), του Παγκόσμιου Συμβουλίου Εκκλησιών (WCC), της Γερμανικής Κρατικής Υπηρεσίας Μορφωτικών Ανταλλαγών (DAAD) και του ερευνητικού Ιδρύματος Alexander von Humboldt καθώς επίσης φοίτησε (1973-1977) στη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Από το 1975 εργάζεται στην Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών ως επιστημονικός βοηθός του Νίκου Νησιώτη, τον οποίο διαδέχθηκε μετέπειτα.

Αναγορεύτηκε διδάκτορας το 1985 με διατριβή για την φιλοσοφία της θρησκείας του φυσι­κού Βέρνερ Χάιζενμπεργκ. Διδάσκει Συγκριτική Φιλοσοφία της Θρησκείας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών (Θεολογική Σχολή) ως λέκτορας από το 1986, επίκουρος καθηγητής από το 1991, αναπληρωτής καθη­γητής από το 1999 και καθηγητής από το 2003.

Παράλληλα παραδίδει μαθήματα φιλοσοφίας της θρησκείας στο Πανεπι­στήμιο του Μαρβούργου της Γερμανίας (Marburg an der Lahn) κάθε εαρινό εξάμηνο (1991-1997), καθώς επίσης ψυχολογία της θρησκείας και κοινωνιολογία της θρησκείας στο Πανεπι­στήμιο Αθηνών.

Έχει δημοσιεύσει εικοσάδα αυτοτελών βιβλίων και πλειάδα άρθρων σε επιστημονικά περιοδικά, πανεπιστημιακές επετηρί­δες και αφιερωματικούς τόμους.

Είναι τακτικός συνεργάτης επι­στημονικών λεξικών και εγκυκλοπαιδειών στην Ελλάδα και στο εξωτερικό (Παιδαγωγική και Ψυχολογική Εγκυκλοπαίδεια, Φιλοσοφικό και Κοινωνιολογικό Λεξικό, Ελληνική Εκπαιδευτική Εγκυκλοπαίδεια της Εκδοτικής Αθηνών, Θρησκειολογικό Λεξι­κό, Theologenlexikon, RGC κ.ά.).

Τυγχάνει επίσης μέλος επι­στημονικών εταιρειών του εσωτερικού (Ελληνική Φιλοσοφική Εταιρεία, Φιλολογικός Σύλλογος «Παρνασσός», Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία κ.ά.) και του εξωτερικού (Academie International des Sciences Religieuses, Societas Oecumenica - European Society for Ecumenical Re­search κ.ά.), διευθυντής της σειράς «Θρησκειολογία» των εκδό­σεων Ελληνικά Γράμματα και τακτικός αρθρογράφος αθηναϊκών εφημερίδων (Βήμα, Νέα, Ελευθεροτυπία, Καθημερινή).

Συγγραφέας  του εγχειριδίου της Γ΄ Λυκείου «Θέματα Χριστιανικής Ηθικής» (1998) και μέλος κριτικής επιτροπής σχολικών βοηθημάτων του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου, διετέλεσε πρώτος Ακαδημαϊκός Υπεύθυνος του Μεταπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών «Ορθόδοξη Θεολογία» του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου (ΕΑΠ, 1998 – 2001) και πρώτος Ακαδημαϊκός Υπεύθυνος του νεοσύστατου Διατμηματικού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών «Φύλο και Θρησκεία» (2003-2008) του Τμήματος Θεολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών και του Τμήματος Κοινωνιολογίας του Παντείου Πανεπιστημίου.

Τον Μάρτιο 2009 ορίστηκε Διευθυντής του Διορθοδόξου Κέντρου της Εκκλησίας της Ελλάδος,  επιμορφωτικού οργανισμού και συνεδριακού κέντρου  της Εκκλησίας της Ελλάδος που στεγάζεται στην Ιερά Μονή Πεντέλης.

Το δοκιμιακό έργο του έτυχε διακρίσεων (Βραβείο Π. Φωτέα, 1999, Βραβείο  Ελληνικού Κέντρου P.E.N. Club, 2007).

Μελετήματά του έχουν μεταφρασθεί σε άλλες γλώσσες (αγγλική, γαλλική, γερμανική, ιταλική, ουγγρική, κινεζική) και έχει εκπονήσει δοκίμια σε αγγλική και γερμανική γλώσσα.  Είναι έγγαμος (1979) και πατέρας ενός γιού (1983).