Σπουδαία βήματα σχετικά με την πορεία της εκκλησιαστικής βυζαντινής μουσικής έγιναν επί της εποχής του Πατριάρχου Ιωακείμ του Γ΄, για τη σωστή και συστηματική μουσική παιδεία στα σχολεία της Πόλης, αλλά και για την παραδοσιακή και από διφθέρας εκτέλεση των μουσικών κειμένων στους ναούς.
Η γνωστή προτρεπτική εγκύκλιός του «Τοις εν Κων/πόλει ιεροψάλταις», του 1880 αποδεικνύει την ευαισθησία του μεγάλου εκκλησιαστικού ανδρός για την ποιοτική μουσική, αντάξια της ιστορίας της. Ο ίδιος πίστευε βαθιά στην μουσική εκπαίδευση γνωρίζοντος ότι μαζί με τα αναλόγια, φυτώρια των νέων ψαλτών θα μπορούσαν να είναι και τα σχολεία. Με προτροπή του εκδίδονται από δόκιμους μουσικοδιδάσκαλους της εποχής του, στις αρχές του 20ού αιώνα, κατά την δεύτερη πατριαρχία του (1901-1912), μουσικά έντυπα για τα σχολεία.
Αναθέτει στον μουσικό Μάρκο Βασιλείου, που υπηρετούσε ως γραμματέας στο Πατριαρχείο, να μελοποιήσει άσματα για τους μαθητές των σχολείων, αλλά και της λειτουργούσης τότε Μουσικής Σχολής. Ο ίδιος καθιερώνει το 1902, την υποχρεωτική εκπαίδευση στην εκκλησιαστική μουσική για τους μαθητές και τις μαθήτριες των σχολείων της Πόλης καθιστώντας την «Ωδική» υποχρεωτικό μάθημα. Οι μαθητικές χορωδίες που δημιουργήθηκαν τότε έψαλλαν τακτικά σε εκδηλώσεις στα Σχολεία, σε υποδοχές και επισκέψεις ξένων επισήμων, αλλά και στους ναούς, ιδίως κατά την Μ. Παρασκευή.
Ο Πατριάρχης Ιωακείμ βελτιώνει την θέση των Πρωτοψαλτών του Πατριαρχικού Ναού, καταργώντας συν τοις άλλοις το παλαιό κοπιαστικό για αυτούς έθιμο κατά το οποίο έψαλλαν πίσω από μια κουρτίνα κατά την διάρκεια επισήμων γευμάτων, που παρέθετε ο εκάστοτε Πατριάρχης σε προσκεκλημένους. Η Πατριαρχική αυτή «Ορχήστρα», όπως την ονομάζει ο Α. Βουδούρης καταργείται το 1878. ( Α. Βουδούρη, Οι Μουσικοί χοροί της Μεγάλης του Χριστού Εκκλησίας κατά τους κάτω χρόνους, εν Κωνσταντινουπόλει, 1937, σελ.13).
Μεταξύ των πολλών καινοτόμων δράσεων του μεγάλου αυτού Πατριάρχου είναι και η κατάργηση της υπηρεσίας των διακόνων γύρω από την πατριαρχική τράπεζα κατά την διάρκεια των γευμάτων με την αντικατάστασή τους από λαϊκούς υπαλλήλους και -παρά τις αντιδράσεις- η απαγόρευση δύο εθίμων της περιόδου του Πάσχα: «Το κάψιμο του Ιούδα» και οι πυροβολισμοί.
