Ιδρύθηκε το 1759 από τον Ρώσο μοναχό Παϊσιο Βελιτσόφσκυ. Λίγο αργότερα κτίσθηκαν μεγάλα οικοδομήματα και ο μεγαλοπρεπής κεντρικός ναός. Από τα κειμήλια που φυλάσσονται εκεί, ξεχωρίζει ένα θαυμάσιο αρτοφόριο, σταυροί, άμφια κ.α. Η Σκήτη είναι εξάρτημα της Ι. Μονής Παντοκράτορος. (Φωτ.: Νίκος Λουπάκης)
Εμφανίζεται σαν κελλί κατά τον 15ο αιώνα, ίσως και νωρίτερα. Το 1492 ο Βλάντ ο Γ΄ κόβει για το κελλί ετήσια επιχορήγηση 1.000 άσπρα. Λίγο μετά, κατά το 1500, αποσύρεται εδώ ο Πρώτος Κοσμάς της Μονής Χιλιανδαρίου. Το 1759 εγκαθίσταται στην έρημη Σκήτη ο Ρώσος νηπτικός Παΐσιος Βελιτσκόφσκι (1722-94) που με τους μαθητές του, 35 συνολικά, την μετέτρεψε σε πρότυπη σκήτη.
Η κύρια είσοδος της Σκήτης.
Παλιότερα η Σκήτη είχε μηχανουργείο, νοσοκομείο, φωτογραφείο, μεγάλη βιβλιοθήκη, ατμοκίνητο μύλο και πλοίο ιστιοφόρο 350 τόννων. Μετόχια είχε στην Οδησό, Κωνσταντινούπολη και αλλού. Οι μοναχοί κατά τη 10ετία του 1910 έφταναν τους 500.
Στις πτέρυγες της Σκήτης Προφήτη Ηλία οι οποίες διαμορφώνουν σε κάτοψη τετράπλευρο, υπάρχουν η τράπεζα, το μαγειρείο, ο φούρνος, το αρχονταρίκι με τα δωμάτια των φιλοξενουμένων, το συνοδικό, το γραφείο του Δικαίου, τα κελλιά των μοναχών, η βιβλιοθήκη, διάφοροι βοηθητικοό και αποθηκευτικοί χώροι, χώροι, αγιογραφείο και εργαστήρι συντήρησης εικόνων καθώς και παρεκκλήσια.
Μέχρι το 1903 η σκήτη απολάμβανε την αμέριστη ηθική και υλική συμπαράσταση των τσάρων της Ρωσίας, συμπαράσταση που οδήγησε στη δημιουργία ενός εντυπωσιακού κτηριακού συγκροτήματος και ενός τεράστιου ναού. Όταν όμως επεκράτησε το Κομμουνιστικό καθεστώς στην Σοβιετική Ένωση και έπαυσαν να έρχονται χρήματα και μοναχοί από την Ρωσία και την Ουκρανία, η Σκήτη γνώρισε μεγάλη παρακμή.
Από το έτος 1917 και έπειτα μέχρι το έτος 1972, η φθορά του χρόνου και η εξαφάνιση πολλών κειμηλίων σημάδεψαν την φυσική και πνευματική ερήμωσή της και την σχεδόν ερειπιώδη κατάστασή της, ώσπου με την έγκριση της Ιεράς Μονής Παντοκράτορος, στην οποίαν υπάγεται η Σκήτη, εγκαταστάθηκε σ αὐτήν η σημερινή δραστήρια ελληνική Αδελφότητα και άρχισε μια νέα περίοδος ζωής και προόδου, που συνεχίζεται σε όλους τούς τομείς και είναι εμφανής
Το καθολικό της μονής αποπερατώθηκε το 1903. Είναι αφιερωμένο στον Προφήτη Ηλία, την Αγία Αλεξάνδρα και τον Απόστολο Ανδρέα. Εσωτερικά έχει πλούσια διακόσμηση, χωρίς τοιχογραφίες.
Δύο εικόνες θαυματουργές αποτελούν την κύρια παράκληση της Σκήτης: η Γαλακτοτροφούσα και η Δακρυρροούσα.
Στη σκήτη υπάρχουν τρία ακόμη παρεκκλήσια αφιερωμένα στον Άγιο Μητροφάνη και στους Άγιους Θεοπατέρες, στον Άγιο Νικόλαο επίσκοπο Μύρων και στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου.
Η Σκήτη του Προφήτη Ηλία βρίσκεται δυτικά της κυρίαρχης Μονής του Παντοκράτορος, σε απόσταση 40΄ απ' αυτή και σε υψόμετρο 140 μ., σε θέση αμφιθεατρική και με θέα προς την θάλασσα.