Η Φλώρα Καραγιάννη σπούδασε στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΑΠΘ, όπου και συνέχισε τις μεταπτυχιακές και διδακτορικές της σπουδές με ειδίκευση στη βυζαντινή αρχαιολογία και τέχνη. Στη συνέχεια, απέκτησε και δίπλωμα Θεολογίας από την Θεολογική Σχολή του ίδιου πανεπιστημίου. Από το 1995 εργάζεται στο Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού, ενώ έχει διδάξει μαθήματα Βυζαντινής Τέχνης και Αρχαιολογίας, στο Διεθνές Πανεπιστήμιο της Ελλάδος, στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, στο ΤΕΙ Λάρισας και στη Σχολή Ξεναγών Θεσσαλονίκης.

Στα επιστημονικά της ενδιαφέροντα εντάσσονται θέματα μελέτης βυζαντινής αρχιτεκτονικής, τέχνης και εικονογραφίας. Έχει συγγράψει 2 βιβλία, έχει την επιστημονική επιμέλεια σε άλλα εννέα βιβλία, έχει λάβει μέρος σε διεθνή και ελληνικά συνέδρια, έχει δημοσιεύσει περισσότερες από 40 μελέτες και έχει δώσει διαλέξεις στην Ελλάδα και στο εξωτερικό για θέματα βυζαντινής αρχαιολογίας και τέχνης. Ιδιαίτερα έχει ασχοληθεί με την επιστημονική οργάνωση συνεδρίων και εκθέσεων για διάφορες πτυχές του βυζαντινού πολιτισμού εντός και εκτός Ελλάδας. Από τον Μάρτιο του 2017 είναι Έφορος του Πατριαρχικού Ιδρύματος Πατερικών Μελετών, στο οποίο οργάνωσε την έκθεση: «Το ημέτερον κάλλος. Βυζαντινές Εικόνες από τη Θεσσαλονίκη».