Γεννήθηκε στις Κυδωνίες (Αϊβαλί) της Μικράς Ασίας, στις 8 Νοεμβρίου 1895. Ήταν το τέταρτο παιδί του Νικόλαου Αποστολέλη και της Δέσποινας Κόντογλου. Σε ηλικία ενός χρόνου πεθαίνει ο πατέρας του και τη φροντίδα για την ανατροφή του αναλαμβάνει ο θείος του ιερομόναχος π. Στέφανος Κόντογλου. Δείχνοντας την αγάπη και την ευγνωμοσύνη του προς το θείο του, πήρε επώνυμο, το επίθετο της οικογένειας της μητέρας του. Τελειώνοντας το δημοτικό σχολειό γράφτηκε στο γυμνάσιο του Αϊβαλί. Το Σεπτέμβριο του 1913 ο θείος του τον γράφει στη Σχολή Καλών Τεχνών. Με την καταστροφή του Αϊβαλίου (1914–1917) χάνει τη μητέρα και το θείο του, διακόπτει τις σπουδές του και μεταβαίνει στην Ευρώπη όπου εργάζεται ως ανθρακωρύχος. Το 1919 επιστρέφει στο Αϊβαλί και διδάσκει γαλλικά στο Παρθεναγωγείο της πόλης. Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή (1922) μένει μόνιμα στην Αθήνα. Εκεί δημιουργεί και οργανώνει τις πρώτες εκθέσεις έργων του.
Το 1927 παντρεύεται τη Μαρία Χατζηκαμπούρη. Δύο χρόνια μετά γεννιέται η κόρη του Δέσπω. Συνεργάζεται με τα «Ελληνικά Γράμματα» και «Νέα Εστία». Το 1930 προσελήφθη από το Βυζαντινό Μουσείο Αθηνών, ως τεχνικός επόπτης των συλλογών του. Το 1933 πηγαίνει στην Αίγυπτο, όπου εργάζεται για το Κοπτικό Μουσείο. Τα χρόνια 1944–1950 είναι χρόνια λογοτεχνικής και εικαστικής δημιουργίας. Συμμετέχει σε ομαδικές εκθέσεις ζωγραφικής και εκδίδει πολλά από τα βιβλία του. Το 1950-60 βρίσκεται στη ακμή της αγιογραφικής του δραστηριότητας.
Τιμήθηκε με το παράσημο του Ταξιάρχη του Βασιλικού Τάγματος του Φοίνικος (1960) και από την Ακαδημία Αθηνών με το «Αριστείο Γραμμάτων και Τεχνών». Ο Φώτης Κόντογλου κοιμήθηκε, στις 13 Ιουλίου 1965. Την εξόδιο ακολουθία του τέλεσε ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Χρυσόστομος, στον ιερό ναό του Α´ Νεκροταφείου Αθηνών, όπου έγινε και η ταφή του.
